面对教材所遭遇困境的原因，有专家指出是因为该读本不太适合作为小学教材用于教学，一些家长的投诉理由就是因为读本最后页末附上的几张患有性病的生殖器彩色插图。其实，除了教材本身的原因以外，还有几个更深层次的原因。而正是这些原因，才导致了我国的性启蒙教育的举步维艰。

　　九月十五号的《广州日报》报道，曾经在四年前因为直面诸多自慰行为的困惑、何为性骚扰和性侵害、学生模仿性游戏的危害等“敏感”问题而备受关注，引起轰动，并作为教材在深圳24所试点学校推广的小学生性教育读本，却陷入首印两万册仍未售出难以推广的困境，并且因为涉及“敏感”问题而遭学生家长投诉。
　　

　　
　　首先，性教育作为重要的启蒙教育，不应该只是单单作为学校教育的一部分，而是应该是一项庞大的社会系统工程。其中最主要的一环就是家庭教育和学校教育的相结合。很多时候，家庭教育不但无法起到辅助左右，还经常有相抵触的情况发生。而这一点，恰恰是现下我国性教育最棘手的问题。
　　
　　其次，性教育的师资匮乏。现在的城市中，几乎每个学校都有专门的性教育老师，但是缺少高水平的性教育工作者。现在的性教育工作者，水平参差不齐，有些甚至不了解基本的性知识。而性作为一件极其私密的事物，让羞涩的孩子开口述说自己的困惑是极其困难的一件事情，这也就需要教育者极大的耐心和个人魅力。另外现在的性启蒙教育的过程中往往有个误区，就是只存在简单性知识的灌输。其实，性教育应该分为两部分，一部分是关于性知识的教育（避孕和性病、艾滋病的预防）；另外一部分是性的人格教育。性的人格教育，也就是以人格或道德为导向一种基础性教育模式。我们常说要身心健康，性的人格教育无疑是青少年身心健康建立的重要一环。而单纯知识层面的性教育，往往会带来很大的负面影响。
　　
　　最后，学校的重视不够导致政府政策的贯彻不利。以深圳市为例，在2004年，深圳市规定24所作为性教育试点的学校：“小学五六年级每学年不少于5课时；初中阶段每学年不少于6课时，高中阶段每学年不少于8课时”。可是，性教育读本依然遭遇了四年售出不足两万册的尴尬。这也说明了，很多学校的性教育课虽然有其名，却并未有其实。当然，性教育课未能列入教学课程计划也是重要原因之一。
　　
　　自1988年，国家教委、国家计生委颁发关于普及青春期性教育至今，已经将近二十个年头。而2001年又将性教育写入了《人口和计划生育法》。在这二十年中，我国政府花费的力气不可谓不大，性教育也在不断进步的，但是和理想状态还有很大的差距。这也就说明了，性教育的诸多问题，只依靠行政手段是无法全部解决的。那么如何解决这些问题呢？从短期来说，除了要让学校明确性教育的重要性以外，还要系统的培训性教育的老师；从长远来看，需要整个社会齐心协力，把性教育当作一项长期的系统工作来做。也只有这样，才能逐渐解决性教育中的诸多困局。
　　
　　被誉为青春期心理学之父的斯坦利•霍尔在谈到青春期的时候曾经说：青春期是可望改善我们人类的惟一阶段。希望有更多的教育工作者能更加重视这个唯一阶段。